1. Sağlık Bakanına direkt bağlı olan birimler şunlardır: Özel kalem müdürlüğü, hukuk müşavirliği, denetim hizmetleri başkanlığı, iç denetim birimi, basın ve halkla ilişkiler müşavirliği. Görev dağılımı ile her bir bakan yardımcısına bağlı ‘Genel Müdürlükler’ bulunmaktadır.
2. Taşra teşkilatlanmasında ise her ilde Sağlık Bakanlığı politikalarından sorumlu en üst düzey sağlık yöneticisi ‘İl Sağlık Müdürü’dür. Her ilde İl Sağlık Müdürüne direkt bağlı olan yedi başkanlık kadrosu tahsis edilmiştir. Bu başkanlıklar: Kamu hastaneleri başkanlığı, personel başkanlığı, halk sağlığı başkanlığı, ilaç ve tıbbi cihaz başkanlığı, destek hizmetleri başkanlığı, acil sağlık hizmetleri başkanlığıdır. Bu yedi başkanlık örgütü her ilde bulunmasına rağmen, ilin nüfusuna göre birden fazla başkanlık örgütünü sadece bir başkan yönetebilmektedir. Bu kapsamda iller TUİK nüfusuna göre dokuz gruba ayrılmış ve her gruptaki illere tahsis edilen başkan kadrosu farklı sayıdadır.
Her ilçede sağlık alanında yönetim birimi olarak İlçe Sağlık Müdürlüğü (İSM) veya Toplum Sağlığı Merkezi (TSM) oluşturulmuştur. Nüfusu 30 binin üzerinde olan ilçelerde İSM, bu sayının altında nüfusa sahip olan ilçelerde ise TSM örgütlenmesi bulunmaktadır. İSM ve TSM sağlık personeli kişiye yönelik koruyucu sağlık hizmetleri ve poliklinik hizmetleri dışındaki birinci basamak sağlık hizmetlerini ilçe sınırları içinde vermektedir. Ayrıca bu sınırlar içinde çalışan aile hekimliği birimlerinin çalışmalarını da denetlemektedirler. TSM ek birimi olarak kurulan Sağlık Hayat Merkezleri (SHM) bünyesinde beslenme danışmanlığı, psikososyal danışmanlık, fiziksel aktivite ve fizyoterapi, ağız ve diş sağlığı, ayak sağlığı, enjeksiyon hizmetleri, kadın ve üreme sağlığı, öğrenci sağlığı, kanser erken teşhis ve tarama, sigara bırakma danışmanlığı,
enfeksiyon hastalıklarının kontrolü, bulaşıcı olmayan hastalıkların kontrolü, bulaşıcı olmayan hastalıkların yönetimi hizmeti sunulmaktadır. Ayrıca Aile Sağlığı Merkezleri (ASM) vardır. ASM'ler Aile hekimleri ile beraber çalıştıkları bir aile sağlığı elemanının (ebe, hemşire, sağlık memuru, acil tıp teknisyeni) görev yaptığı birinci basamak sağlık kuruluşudur. Aile sağlığı merkezinde genelde birden fazla aile hekimi çalışmasına rağmen, her aile hekimi hizmetler yönünden çalışmalarını bağımsız yürütür.