LBV114U-GENEL MİKROBİYOLOJİ
Bölüm 1: Bakterilerin Genel Özellikleri
Bakterilerin Genel Özellikleri
Mikroplar olarak da adlandırılan mikroorganizmalar herhangi bir araç yardımı olmadan insan gözüyle görülemeyen çok küçük yaşam biçimleridir. Söz konusu mikroskobik organizmalar biçim ve fonksiyon açısından çok çeşitlidir ve dünyada yaşamın desteklendiği tüm çevrelerde yerleşime sahip olmuşlardır.
Mikroorganizmalar, yeryüzünde ve denizlerde, bitkiler ve hayvanların ortaya çıkmasından önce milyonlarca yıldır gelişmekle birlikte geçen zaman içerisinde şaşırtıcı bir çeşitliliğe sahip olmuşlardır. Mikroorganizmalar, Dünya’nın biyokütlesinin esas unsurunu oluştururlar ve onların aktiviteleri sürdürülebilir bir yaşam için çok önemlidir. Dahası, soluduğumuz oksijenin çoğu mikrobiyal aktivitelerin bir sonucudur. Bitkiler ve hayvanlar, mikropların dünyasında onlar tarafından sarmalanmış durumdadırlar ve evrimleri, hayatta kalmaları çok yüksek oranda mikrobiyal ortaklıklar ve patojenlerin ortaya çıkardıkları hastalıklar gibi mikrobiyal aktiviteler tarafından etkilenmektedir. Mikroorganizmalar
Bakteriyel Hücre Yapısı ve İşlevi
Yeni mikroskobik teknikler mikrobiyal hücreleri görme durumumuzu geliştirmektedirler. Birçok hücrese lişlem, makromoleküller ve formlarıyla işlev sağlayan yapılar tarafından yürütülmektedir. Söz konusu yapılar inanılmaz derecede küçüktürler ve standart ışık mikroskobisi ile çözülmesi imkânsızdır. Kriyojenik elektron tomografisi (CryoET), hücreleri ultra düşük sıcaklıklarda camsı bir buzun içine gömerek fotoğraflar ve hücreler dehidratasyona uğramadan doğal hâlleri ile görüntülenebilirler.
Hücre Zarfı: Hücre zarfı, sitoplazmayı saran bir dizi tabakalı yapıları içermekte ve dış çevre ile hücresel etkileşimleri yönetmektedir. Hücre zarfı birçok önemli işleve sahiptir: Besinlerin hücre içine taşınması ve atıkların hücre dışına atılması, enerji korunumunun yönetimi, hücrenin şeklinin verilmesi, hücrenin mekanik baskıdan korunumu ve hücrenin yüzeylere tutunmasına yardımcı olması ve hatta hücreyi olası saldırılara karşı koruması gibi.
Bakteriyel Sitoplazmik Membran: Tüm bakteriyel ve ökaryal hücrelerin sitoplazmik membranları gömülmüş proteinleri içeren çift katlı bir fosfolipit tabakasından oluşmaktadır. Sitoplazmik membran 8-10 nanometre genişliktedir fakat geçirimli elektron mikroskopisi ile kolaylıkla görüntülenir.
Bakteriyel Hücre Duvarı: Bakterilerde bulunan hücre duvarları peptidoglikan adı verilen ve hücrede yapısal sağlamlık oluşturan sıkı bir polisakkarit içerir. Peptidoglikan, hücre duvarına sahip olan tüm bakterilerde bulunur.
LPS: Dış Membran: Gram negatif hücre zarflarının çoğu dış membrandan oluşmuştur. Dış membran hücre duvarının dışında bulunan ikinci bir iki katlı lipit yapısıdır fakat yapısı ve fonksiyonu onu sitoplazmik membrandan farklı kılar. Dış membran ve sitoplazmik membran ikisinin de fosfolipit
ve protein içermesi bakımından benzerdir fakat esas fark, dış membranın ayrıca lipitlere kovalent olarak bağlanmış polisakkarit molekülleri taşımasıdır.
LPS’nin Yapısı ve Aktivitesi: LPS molekülleri birçok eşsiz fonksiyona sahiptir: Yüzey tanımayı kolaylaştırmak, bazı bakteriyel patojenler için önemli virulans faktörleri olmak ve hücrenin mekanik direncine katkıda bulunmak gibi.
Periplazma ve Porinler: Dış membran, proteinler ve diğer büyük moleküllere karşı geçirimsizdir. Dış membranın asıl fonksiyonu, aktiviteleri sitoplazmanın dışında gerçekleşen hücresel proteinlerin difüze olarak hücreden dışarı çıkmasını önlemektir. Dış membran küçük moleküllere karşı daha geçirgendir çünkü porin adı verilen proteinler sayesinde çözünmüş maddelerin girişi ve çıkışı için bir kanal fonksiyonu görürler. Porinler Bacteria’nın dış membranına özgüdürler ve başka bir sınıf protein grubu olan ve sitoplazmik membranda su taşınımını idare eden akuaporinlerle karıştırılmamalıdır.
Hücre Zarfı Yapısının Çeşitliliği: Hücre zarfı yapısı bakterilerde çeşitlilik göstermektedir. S tabakaları ve bazı bakterilerde bulunan kapsül yapısı bakterilerin hem hücresel tutunmaları hem de konak bağışıklık sistemine karşı hücresel savunma anlamında işlevsel olan yapılardır.
S tabakaları: S tabakaları birçok bakteride bulunmaktadır.
Bir S tabakası, birbirine kenetlenmiş proteini veya glikoproteinin parakristalin tek tabakasından oluşur. Bir S tabakası mevcutsa bu her zaman hücre zarfının en dış kısmındadır. S tabakası genellikle bir veya birkaç hekzagonal, tetragonal veya trimerik simetriye sahip tekrarlayan yapılardan oluşur.
Hücre Yüzey Yapıları ve İnklüzyonlar: Birçok bakteri polisakkarit veya proteinden oluşan ve hücre yüzeylerinde yapışkan ve kaygan maddeler üretirler. Aslında bunlar belirgin şekilde hücre zarfının dışındadır. Kapsül ve yapışkan tabaka bu tabakaları tanımlayan terimlerdir.
Kapsüller ve Slime Tabakaları: Kapsül ve yapışkan tabaka terimleri hücre zarfının dış kısmında şekillenen yapışkan polisakkarit kılıfı açıklamak için kullanılır. Polisakkarit tabaka küçük parçaları dışarda tutabilen sıkı bir matriks hâlinde organize olduğunda ve hücreye sıkı bir şekilde tutunduğunda kapsül adını alır.
Fimbria, Pili: Pili; 2-10 nanometre kalınlıkta, hücre yüzeyinden genişleyen, protein yapısında, filamentöz yapılardır ve birçok işleve sahiptir.
Hücre İnklüzyonları: Prokaryotik hücreler çoğunlukla çeşitli şekillerde sınıflandırılmış inklüzyonlar içerir. Çoğu inklüzyonlar enerji veya besinleri depo eder fakat bazıları da yüksek şekilde özelleşmiş olarak inklüzyonu içeren hücre üzerinde eşsiz özellikler sunar.
Karbon Depo Polimerleri: Prokaryotik organizmalarda en bilinen inklüzyon cisimciklerinden biri β-hidroksibütirik asit birimlerinden oluşan bir lipit olan poli-β- hidroksibütirik asittir (PHB). PHB monomerleri ester
bağları ile birbirine bağlanırlar ve sonra polimerler bir araya gelerek granülleri oluştururlar.
Polifosfat, Sülfür ve Karbonat Mineralleri: Çoğu prokaryotik mikroorganizma inorganik fosfatı (PO4-) polifosfat granülleri şeklinde biriktirir. Bu granüller fosfat fazlalığında şekillenir ve nükleik asit ve fosfolipit biyosentezinde kaynak olarak fosfat kısıtlı olduğu zaman kullanılabilir.
Gaz Vezikülleri: Bazı bakteriler gaz vezikülleri içerdiklerinden dolayı yüzebilirler. Bu yapılar kaldırma kuvveti sağlar ve bakterilerin sulu ortamlarda metabolizmalarına en uygun yerlere hareket edebilmeleri için fırsat sunar.
Magnetozomlar: Bazı bakteriler magnetozom içerdiklerinden dolayı kendilerini manyetik alanda kontrol edebilirler. Bu yapılar manyetik demir oksit magnetiti Fe(II)Fe(III)2O4 veya greigit Fe(II)Fe(III)2S4 olarak bilinen biyomineralize partikülleridirler.
Endosporlar: Birçok mikroorganizma kendileri açısından olumsuz olan koşullarda spor yapıları üretebilirler. Ancak belirli bakteri türleri endospor olarak anılan özelleşmiş sporları üretirler. Endosporlar (endo- ön eki içinde anlamındadır) yüksek derecede farklılaşmış uyuyan hücrelerdir.
Endospor Oluşumu ve Çimlenmesi: Endospor oluşumu ile sonuçlanan hücresel farklılaşma süreci sporulasyon olarak isimlendirilir. Endospor oluşumu süresince vejetatif hücre, hücresel farklılaşma süreci içerisinde büyümeyen, ısıya dirençli ve ışık yansıtan bir yapıya dönüşür.
Endospor Yapısı ve Özellikleri: Endosporlar birçok noktada vejetatif hücrelerden ayrılmaktadırlar. Işık mikroskobu ile kuvvetli yansıtıcı özelliği sayesinde görüntülenebilirler.
Endosporlar çoğu boyaya karşı geçirimsizdirler ve basit şekilde boyanan hücrelerde boyanmamış bölgeler olarak görünürler. Endosporlar vejetatif hücrede olmayan birçok tabaka içerirler. Endosporun en iç kısmı çekirdek (core) olarak adlandırılır ve DNA ile ribozomları içerir. Çekirdeği iç membran, korteks ve dış membran çevreler.
Sporulasyon Döngüsü: Sporulasyon bir hücresel farklılaşma çeşididir ve vejetatif büyümeden sporulasyona kadar olan dönüşüm sürecinde genetik olarak yönlendirilen olaylar bütünüdür. Bacillus subtilis örneğinde; vejetatif hücreden endospora dönüşüm 8 saat civarında sürer ve asimetrik şekilde olan hücre bölünmesi ve önspor oluşumuyla başlar.
Hücre Hareketi: Birçok mikrobiyal hücre kendi gücü ile hareket edebilmektedir. Bu hareketlilik hücrelerin çevrelerinde veya doğada farklı bölgelere ulaşmasına ve dolayısıyla ilave besin kaynaklarına ulaşmasına veya zararlı olabilecek maddelerden uzaklaşmasına izin verir.
Çoğu bakteri flajella olarak isimlendirilen yapıları sayesinde yüzerek hareket ederler.
Flajella Yapısı ve Aktivitesi: Bakteriyel flajella katı ve sarmal bir yapıdadır. Flajellanın esas parçası olan filament kısmı flajellin olarak adlandırılan proteinin çok sayıda kopyasının birleşiminden oluşmuştur. Filamente ek olarak flajella başka birçok bileşenler de içermektedir. Filamentin genişleyen baz bölgesi de kanca adını alır, tek tip proteinden oluşur, hücre içerisinde yer alan ve bazal vücut denen yerde filamentin flajella motoruna bağlanmasını sağlar.
Bakterilerin Metabolizması ve Üreme Özellikleri
Metabolizma, hayatı idame ettirmek için gereken bir seri biyokimyasal tepkimeye verilen isimdir. Metabolizma kompleks moleküllerin yıkılarak enerji elde edildiği katabolizmayı ve enerji kullanarak hücresel materyallerin sentezlenmesini ifade eden anabolizmayı içerir.
Metabolizma çeşitleri enerji kaynaklarına göre sınıflandırılabilirler. Fototroflar olarak isimlendirilen grup metabolizmaları için gereken enerjiyi ışıktan sağlarlar. Kemotroflar ise metabolizmaları için gerekli enerjiyi kimyasal reaksiyonlardan elde ederler. Glikozun aerobik solunumu kemotrofik metabolizmaya örnektir ve glikozun CO2’ye dönüşümü sırasında ortaya çıkan serbest enerji kullanılır.
Kemotrofik reaksiyonlar oksijene ihtiyaç duyuyorlarsa aerobik; oksijenden başka bir elektron alıcıya gereksinim duyuyorlar ise anaerobik olarak sınıflandırılırlar. Kemotroflar enerjiyi solunum veya fermantasyon reaksiyonlarından elde edebilirler. Fototroflar, ışık enerjisini ATP’ye dönüştürmek için gerekli olan klorofilleri veya diğer pigmentleri barındırırlar ve bu nedenle kemotrofların ihtiyaç duyduğu gibi dışarıdan kimyasal enerjiye ihtiyaç duymamaktadırlar. Fototrofinin iki türü bulunmaktadır. Bunlar oksijenik fotosentez ile anoksijenik fotosentezdir.
Bakterilerde Üreme Özellikleri
Bakterilerde üreme veya büyüme, hücre bölünmesinin bir sonucudur ve bakteriyel bir hücrenin yaşamındaki en uç süreçtir. Mikrobiyolojide büyüme, hücre sayısının artışı olarak tanımlanmıştır.
Hücre zarfı, sitoplazmik membran ve ribozomlar gibi hücre yapılarını meydana getiren makromoleküller hücre sitoplazmasında biriktikçe hücre bölünmesi tetiklenmeye başlar. E. coli gibi çubuksu şekilli bakterilerde hücre uzunluğu normal hücrenin neredeyse iki katına ulaştıktan sonra bölünerek iki tane identik kardeş hücre meydana gelir. Bakterilerde Üreme Özellikleri Bakterilerde üreme veya büyüme, hücre bölünmesinin bir sonucudur ve bakteriyel bir hücrenin yaşamındaki en uç süreçtir. Mikrobiyolojide büyüme, hücre sayısının artışı olarak tanımlanmıştır.
Hücre zarfı, sitoplazmik membran ve ribozomlar gibi hücre yapılarını meydana getiren makromoleküller hücre sitoplazmasında biriktikçe hücre bölünmesi tetiklenmeye başlar. E. coli gibi çubuksu şekilli bakterilerde hücre
uzunluğu normal hücrenin neredeyse iki katına ulaştıktan sonra bölünerek iki tane identik kardeş hücre meydana gelir.
Mikrobiyal Büyüme Döngüsü: Optimum diye adlandırılan en uygun koşullar altında ikiye bölünerek büyüme, hücre sayısında kısa sürede inanılmaz artışlara neden olabilir fakat laboratuvarda bile olsa koşulların her zaman optimum olması ender rastlanan bir durumdur.
Lag Fazı ve Logaritmik Üreme Fazı: Bir bakteri kültürü taze besiyeri içeren ortama inoküle edildiğinde tipik olarak hücrelerin bölünmediği durgun bir faz bulunur. İşte bu bakterilerin yeni besiyerine aktarılması (inokülasyon) ile büyümenin başladığı zaman arasında kalan sürece lag fazı adı verilmiştir.
Durgun Faz ve Düşüş Fazı. Laboratuvarda gerçekleştirilen besiyeri ortamında logaritmik üreme fazı sonsuza dek devam ettirilemez. Besinin kısıtlı olduğu ortamda üreme sınırlanacak, bunun yanı sıra bakteriyel atıkların da bir yandan birikimi sonucunda popülasyon durgun faza girecektir.
Durgun fazda hücre sayısında ne yükseliş ne de düşüşvardır.
Bakterilerin İsimlendirilmesi ve Sınıflandırılması
Bakterilerin İsimlendirilmesi
Bakterilerin isimlendirilmesi konusunda da genel olarak organizmaların isimlendirilmesi için kullanılan binominal nomenklatur yani ikili isimlendirme kuralları geçerlidir. İkili isimlendirmede diğer organizmalar gibi bakteriler de iki kelimeden oluşan, Latince ve herhangi bir hataya yer vermeme kadına tüm dünyada aynı şekilde kullanılan isimlere sahiptirler. Bu isimlendirmede ilk kelime bakterinin cins ismi olup her zaman büyük harfle başlamaktadır. İkinci isim ise cins ismini takiben yazılan tür ismi olup küçük harfle yazılmaktadır.
Bakterilerin Sınıflandırılması
Bakteriler arasında en az bir türü kültürde geliştirilebilen şekilde 30 ana filogenetik dal bulunmaktadır. Buna rağmen çok fazla filogenetik dal hâlâ tanımlanmamış hâldedir. Bu dallardan bazıları binlerce tanımlanmış tür içerirken diğer bazıları da yalnızca birkaç tane tanımlanmış tür içermektedir. Kültüre edilebilmiş yani laboratuvarda belirli şartlar altında geliştirilebilmiş bakterilerin %90’ından fazlası yalnızca dört filumdan (filogenetik dal) birisine dâhildir. Bunlar; Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria ve Bacteroidetes’dir.
İlk olarak Proteobacteria’yı ele aldığımızda kendi içerisinde 6 sınıfa ayrılır. Bu sınıflar: Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Epsilonproteobacteria ve Zetaproteobacteria’dır. Proteobacteria Bacteria içindeki en geniş ve metabolik çeşitlilik açısından en zengin gruptur. 500 kadar tanımlanmış tür ile Betaproteobacteria, Proteobacteria’nın en geniş üçüncü sınıfıdır. Fonksiyonel
çeşitlilik açısından büyük zenginliğesahiptir. Çoğu tanımlanmış türler içeren altı takımasahiptir. Bunlar Burkholderiales, Hydrogenophilales,Methylophilales, Neisseriales, Nitrosomonadalesve Rhodocyclales’dir. Gammaproteobacteria en geniş ve en büyük oranda çeşitlilik gösteren Proteobacteria sınıfıdır. Enterobacteriales, Pseudomonadales ve Vibrionales bu grupta yer alır. Deltaproteobacteria’da anahtar cinsler Bdellovibrio, Myxococcus, Desulfovibrio, Geobacter ve Syntrophobacter’dir. Epsilonproteobacteria için anahtar cinsler ise Campylobacter ve Helicobacter cinsleridir. Campylobacter ve Helicobacter türleri Gram negatif, oksidaz ve katalaz pozitif, hareketli virgüller olarak tanınıp çoğu türleri de insanlarda ve diğer hayvanlarda patojendirler. Söz konusu mikroorganizmalar aynı zamanda mikroaerofilik olarak bilinirler.
Firmicutes ile Actinobacteria grupları Gram pozitif ve iyi tanımlanmış birçok bakteriyi içerirler. Tenericutes ise peptidoglikan üretimi yeteneğini ve hücre duvarını kaybetmiş Mycoplasma gibi türleri içerir.
Bacteroidetes grubu 1000’den fazla tanımlanmış tür içerir. Gram negatif, sporsuz çubuklardır.
Türler tipik olarak sakkarolitiktir, zorunlu aerobları, fakültatif aerobları ve zorunlu anaerobları da içerebilecek şekilde genel olarak aerobik veya fermentatif metabolizmaya sahiptirler. Kayma hareketine bu grupta geniş şekilde rastlanmaktadır, buna karşın çoğu tür hareketsiz veya çok azı flajella sayesinde hareketlidir. Bacteroides cinsi ile Cytophaga, Flavobacterium, Flexibacter grupları öne çıkan cinslerdendir.
Bakterilerin Teşhisi
Bakteriler prokaryotik hücre yapısına sahiptirler. Çoğunlukla 0.5 mikrometreden 10 mikrometreye değişen uzunluklarda tekil hücrelerdir. Bu boyutlara uyan bakteriler çoğunlukta olsa da aslında görünüm, boyut ve işlev bakımından inanılmaz bir şekilde çeşitlilik göstermektedirler. Çoğu bakterinin tek hücreli yapıda olmasına karşın bazı bakteriler çoklu hücre tipleri oluşturabilirler ve hatta Magnetoglobus gibi bazıları da çoklu hücre yapısında olabilirler.
Bakterilerin Makroskobik ve Mikroskobik Görünümleri
Bakterileri bulundukları çevreden izole edip laboratuvarda onların fizyolojik ihtiyaçlarını karşılayabilecek şekilde ortamlar hazırlanarak geliştirilmesine kültüre etme adı verilir. Uygun sıcaklık, nem, oksijen (gerektiğinde belirli oranlarda karbondioksit) ve tabii ki besin varlığında bakteriler kültüre edilebilirler.
Makroskobik Görünüm
Bakterilerin uygun besin ortamına genel olarak besiyeri adı verilir. Besiyerleri sıvı ve katı olarak hazırlanabilirler. Bir bakteri sıvı besiyerinde geliştirildiğinde gelişmişlik ölçüsü olarak besiyerinin bulanıklığı esas alınır. Bunun yanı sıra bakteriler katı besiyerinde uygun koşul ve zamanda geliştirildiklerinde besiyerinin üzerinde art arda
bölünmelerinden dolayı gözle görülebilen ve onların tanımlanmasında kullanılabilen topluluklar olan koloniler geliştirirler. Türden türe değişmekle beraber birçok bakteri 24-72 saat sürede katı besiyeri üzerinde koloni oluştururlar. Bakteriler kısaca S (smooth-düz), M (mucoid-mukoid), R(rough-kaba) ve L tipi koloniler oluşturmaktadırlar. S koloniler genellikle yuvarlak, düzgün kenarlı ve homojen görünümlü olurken R kolonilerde koloni kenarları girintili çıkıntılı olur ve homojen bir görünüm sergilemez. M kolonilerde koloninin en belirgin özelliği yapışkan görünümlü olmasıdır ve temas edildiğinde bu yapışkan özelliği sayesinde uzayabilme ile ayırt edilir. L form koloniler ise gerek İngilizcede gerekse dilimizde “sahanda yumurta” görünümü olarak adlandırılan forma sahiptir.
Mikroskobik Görünüm
Bakteriler uygun şekilde preparat hazırlanarak boyandıktan sonra mikroskop altında incelendiklerinde temel olarak üç farklı morfoloji ile karşımıza çıkarlar. Bu üç temel morfoloji yuvarlak, çubuk ve sarmal şekillerdir. Bunların dışında tek bir morfoloji değil birden fazla morfolojik özellik gösteren pleomorfik bakterilerde bulunmaktadır.
Yuvarlak bakteriler diğer bir isimlendirmeyle koklar mikroskop altında yuvarlak olarak görünmektedirler ve hücrelerin bölünmeler sonrası birbirlerine yapışık bulunma durumlarına göre diplokok, streptokok, stafilokok ve tetrakok olarak alt gruplara ayrılır.
Çubuk şekilli bakteriler diğer bir isimlendirmeyle basiller kısaca boyları enlerinden uzunca olan morfolojik görünümlü bakterileri ifade eder. Çok çeşitli şekillerde çubuk şekilli bakterilere rastlanmaktadır. Endospor oluşturan Bacillus ve Clostridium cinslerine ait bakteriler de çubuk şekilli bakterilerdendir. Kok ve basil formunun arasında kalan yani eni boyuna yakın olan bakteriler için de kokobasil terimi kullanılmaktadır.
Sarmal şekilli bakteriler diğer bir isimlendirmeyle spiral bakteriler boyları enlerine oranla çok daha fazla uzun bakterilerdir. Asıl özellikleri kıvrımlı şekilleridir. Sarmal bakterilerde kendi içlerinde vibriolar, spiriller ve spiroketler olarak ayrılmaktadırlar.
Bakteri Boyama Yöntemleri: Bakterileri mikroskobik olarak inceleyebilmek için çeşitli mikroskoplar ve farklı boyama yöntemleri bulunmaktadır. Işık mikroskoplarına baktığımızda bakterileri inceleyebilmek için görünür ışığı kullanıldığı aydınlık alan, faz kontrast ve floresan mikroskopları bulunmaktadır. Hücreleri aydınlık alan mik- roskoplarında inceleyebilmek için hücrelerin boyanmasına ihtiyaç vardır. Hücrelerin mikroskop altında şekillerini görebilmek için tek bir boyanın kullanıldığı basit boyama yöntemi uygulanabilir. Bunun için metilen mavisi ve kristal viyole gibi boyalar kullanılabilir. Uygun şekilde hazırlanan preparata söz konusu boyalar damlatılarak kuruduktan son- ra mikroskop altında incelendiğinde bakterilerin morfolojik özelliklerini görmek mümkündür.
Moleküler Tanımlama: Bakteriler arasındaki filogenetik ilişkiler ilgili moleküllerin gen dizilerinin ortaya konduktan sonra birbirleriyle karşılaştırılmalarıyla elde edilmektedir. Özellikle evrimsel süreçte korunmuş olmalarından kaynaklı 16S (ökaryotlarda 18S kullanılır) ribozomal RNA’lar başta olmak üzere ribozomları oluşturan moleküller filogenetik ve evrimsel ilişkileri belir- leyebilmek için ideal araçlar olarak kullanılmaktadır. Bu süreçte kısaca, karşılaştırılmak istenen iki veya daha fazla sayıda bakterinin ribozomal RNA gen dizilimi gerçekleştirilir ve gen dizilimindeki farklılık ne kadar fazla ise aralarındaki evrimsel uzaklığın da o derece fazla olması gerektiği yorumu yapılır.